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空气中的大肠杆菌、沙门氏菌会导致食品污染，一粒尘埃便可毁掉电脑芯片，因此，净化工程洁净车间已如家用空气净化器般普遍，企业利用净化车间有效降低空气中的灰尘、细菌、病毒等，并实现恒温恒压恒噪，提供良好的生产环境。其中，10万级净化车间标准最为普遍，生产过程中，须对车间进行动态实时监控，保证达到10万级净化标准。
测定洁净度是否达标，须从多方面入手，有室内送风量、系统总新风量、静压差、截面平均风速、截面风速不平均度、空气洁净度等级、浮游菌和沉降菌、室内温度和相对湿度、室内噪声级等，以某个饮料车间的检测为例说明。食品企业监测的主要洁净标准是沉降菌和浮游菌的数量，这二者对食品生产的影响最大。该饮料食品车间采用了沉降菌测定法:
沉降菌指落在地面或物体表面的灰尘中携带的细菌。在无菌操作台开启的状态下，取内径90毫米的无菌培养皿若干，无菌操作分别注入融化并冷却至45℃的营养琼脂培养基越15毫升，倒置于30-35℃培养箱培养48小时，证明无菌后备用。
将已铺有营养琼脂培养基的培养皿放在指定区域距地面约1米的规定处(一般每10平方米放置一个平皿)，在空气中暴露30分钟，采集沉降菌，改好平皿盖儿，置30-35℃培养箱内培养48小时，取出计数，车间内应为操作状态。检测沉降菌数量，每碟小于或等于10个，便是合格的10万级生产区。
一般来说，沉降菌法监测每月一次便可。净化车间常用的仪器有温湿度表、温湿度计、数显风速仪、红外温度计、压差计、多功能声级计、粒子计数器、风量仪等，它们是常规的实时检测设备。
净化车间不断需要不断的监测，还有严格的使用规范，高质量的净化车间工程是不可或缺的，使得净化空间有安全、节能、人性化等诸多优势，更好的运行，创造一个良好的生活和工作环境。